Budynek schroniska znajduje się poniżej szczytu Wielkiego Stożka (978 m. npm.), tuż przy grzbiecie pasma Czantorii i Stożka, stanowiącego jednocześnie granicę polsko – czeską.

Jest to najstarsze polskie schronisko w Beskidzie Śląskim.

Schronisko Stożek to wspaniałe widoki roztaczające się ze schroniska w kierunku wschodnim.